El Sanatorio Modelo Quilmes cuenta con un Servicio Central de Esterilización que abastece principalmente al Servicio de Quirófanos y al resto de los servicios del Sanatorio. Es una planta equipada con modernos equipos esterilizadores, autoclaves de vapor, estufas de calor seco y, en un sector anexo, equipos de esterilización por óxido de etileno. Además se incorporó esterilización en frío con un moderno autoclave, el Sterrad®, que utiliza como agente esterilizante peróxido de hidrógeno.
En el sector se lavan, acondicionan y procesan todos los elementos a esterilizar, de acuerdo al tipo de esterilización que corresponda. Los sectores que abastece este servicio son: Cirugía, Hemodinamia, Maternidad, Laboratorio, Bacteriología y Consultorios.